自治会共有地の登記移転：登録免許税と抵当権の問題を徹底解説！

【背景】
私たちの自治会は、認可地縁団体として認可を受けました。自治会が共有する土地があり、約100名の共有名義になっています。しかし、亡くなられた方や所在不明の方が多く、土地の管理が困難になっています。そこで、登記の特例を利用して、自治会名義に土地の所有権を移転登記しようとしています。現在、市役所に公告申請書を提出済みで、公告期間中です。

【悩み】
登記申請時にかかる登録免許税の税率が、0.4％と2.0％（令和8年3月末までは1.5％）の両方で言われていて、どちらが正しいのか分かりません。また、共有名義者のうち3名ほどが抵当権を設定しており、法務局からは抵当権のある持分は移転できないと言われました。抵当権のない持分のみを移転できるのか、その手続きはどうなるのか不安です。

登録免許税は0.4％、抵当権のある持分は移転不可。

1. 登記の基礎知識：共有持分と登記の特例

土地の所有権は、登記簿（不動産登記簿）に記録されます。複数の者が所有する場合は「共有」といい、それぞれの持分が登記簿に記載されます。今回のケースのように、所有者が多数で所在不明者も多い場合、登記手続きが非常に複雑になります。そこで、地縁団体（地域住民の利益のために設立された団体）が共有地を所有する場合、登記の特例が利用できます。この特例では、公告手続きを経て、所有権を団体名義に移転できる場合があります。

2. 登録免許税の税率：0.4％が適用されます

登録免許税は、不動産の登記をする際に納める税金です。税率は、通常は不動産の価格（固定資産税評価額）の2.0％（令和8年3月末までは1.5％）ですが、今回のケースのように登記の特例を利用する場合、税率は0.4％に軽減されます。これは、多くの所有者の同意を得る手続きを踏むため、手続きが簡素化されることによる優遇措置です。インターネットで両方の税率が出てくるのは、特例適用と非適用を混同している可能性があります。今回のケースでは、特例が適用されるため、0.4％が正しいです。

3. 抵当権と登記移転：抵当権のある持分は移転できません

抵当権とは、借金の担保として不動産に設定される権利です。抵当権が設定されている持分は、抵当権者の同意を得ない限り、所有権の移転ができません。法務局の回答の通り、抵当権のある3名分の持分は、今回の登記移転の対象外となります。

4. 抵当権のある持分の扱い：残りの持分のみの移転

抵当権のある持分を除いた、残りの97/100の持分については、自治会名義に移転登記できます。登記申請の際には、抵当権設定者を除いた97名の同意書（所有権移転承諾書）が必要になります。所在不明者については、公告手続きで対応します。

5. 実務的なアドバイス：専門家への相談が重要

登記手続きは複雑で、専門知識が必要です。特に、多数の共有者や抵当権の存在など、特殊なケースでは、不動産登記に詳しい司法書士（不動産登記の専門家）に相談することが非常に重要です。司法書士は、手続きに必要な書類の作成、申請代行、税金計算など、あらゆる面でサポートしてくれます。

6. 専門家への相談が必要なケース：複雑なケースは必ず相談を

今回のように、共有者多数、所在不明者多数、抵当権設定者ありといった複雑なケースでは、専門家への相談が必須です。間違った手続きを行うと、登記が却下されたり、余計な費用や時間がかかったりする可能性があります。

7. まとめ：特例適用と専門家への相談が鍵

自治会共有地の登記移転は、登記の特例を利用することで、登録免許税を軽減できます。しかし、抵当権の存在や多数の共有者への対応など、複雑な手続きが含まれます。スムーズな手続きを進めるためには、司法書士などの専門家に相談し、適切なアドバイスを受けることが非常に重要です。不明な点があれば、すぐに専門家に相談しましょう。